Der heutige Ortsname Merkausen entstand vorausichtlich aufgrund von Personennamen. (1509 Merkhuisen, 1541 Merkuisen, 1575 Merickhausen lt Mercator Karte aus dem gleichen Jahre und Merkesen).

1464 - Das Dorf wurde 1464 im Einzugsgebiet des Marienhagener Johanniter Ordenshauses erstmals urkundlich erwähnt - ein Dorf, das seither immer an der Grenze lag. (Staatsarchiv Düsseldorf, Urk. Rep. A 51 Homb. Nr. 7). "...Und das Laag (Grenzmarke in Holz oder Stein) geht nun fort die Günters Bäche strack aus bis Merkhausen herab bis oberhalb der Cranartz Hütte..." (Geschichte der ehemaligen Reichsherrschaft Homburg an der Mark v. Dr. Karl Heckmann).

1575 - Mercator Karte, Herrschaft Homergh betreffend, Facta. A. 1575 (Merickhausen).

1604 - Durch den Siegburger Vergleich kam Merkhausen zum Homburger Land. Der Grenzstein Numero "4" erinnert bis heute daran (Vollzug 1605). Im zeitgenössischen Bericht heißt es: "...Weiter soll zwischen Unserem Ambt Windeck und der Herrschaft Homburg bey Unserem Eigen von Eckenhagen die Scheidt seyen der Aheseiffen, da der in die Acher fleust, da ein Stein, Nu. 4 notiret, gesetzt, von dannen den Leichtenbergerseiffen herunter bis unter die Krahenforst-Hütte, von dannen das Wasser, die Olpe genannt, herunter..." (zitiert nach O. Gerhard: Eckenhagen und Denklingen im Wandel der Zeiten). Die hier festgelegte Grenze war gültig bis zum Jahre 1969 als Grenze zwischen den Kommunalgemeinden Wiehl und Denklingen.

1753 - Der Hof Merkhausen wird an das Kirchspiel Eckenhagen abgegeben. Später kam er zur Gemeinde Denklingen.

1907 - Aussichtsturm Wohlharskopf auf dem Aheberg mit Blick ins Aggertal ("Rheinischer Aussichtsturm", Gerüstbau aus Rundstämmen, Heimatliteratur: Bäcker, Otto, "Schönes Oberbergisches Land". Von Deinen Aissichtstürmen gesehen, in: "Der Oberbergische Bote"). Der halbfertige Turm, erbaut durch den Zimmermann August Bleichert aus Ahe, konnte für eine Gebühr von 10 Pfennig bestiegen werden.

1969 - Kommunale Gebietsreform. Zugehörigkeit zur Stadt Wiehl. Merkhausen kehrt nach 246 Jahren ins Homburger Ländchen zurück.